Trong suốt sự nghiệp của mình, ông đã xuất bản 167 bài khảo cứu khoa học (thường do mình ông viết) và 12 sách giáo khoa. Một phiên bản quyển The Ancient Life History of the Earth do nhà cổ sinh vật học lỗi lạc Stephen Jay Gould duyệt lại, đã được tái bản năm 1980.

• 1870: Manual of Zoology[1] (Blackwood, Édimbourg).
• 1872: (viết chung với Richard Lydekker (1849-1915), Manual of Palaeontology (ấn bản lần thứ ba, 1889).
• 1872: Text-book of zoology for schools and colleges[2] (D. Appleton, New York).
• 1872: Introduction to the study of biology[3] (W. Blackwood and sons, Édimbourg).
• 1877: The Ancient Life-History of the Earth[4] (D. Appleton and company, New York).
• 1878-1880: Monograph of the Silurian Fossils of the Girvan District in Ayrshire (with R. Etheridge, jun.).
• 1879: On the structure and affinities of the "Tabulate corals" of the Palaeozoic period, with critical descriptions of illustrative species[5] (William Blackwood, Edimburg, London).
• 1886: Natural history: its rise and progress in Britain as developed in the life and labours of leading naturalists[6] (W.A. Chambers, Edimburg, London).
• 1886-1892: Monograph of the British Stromatoporoids in Palaeontograph. Soc.
• 1889: Manual of palaeontology for the use of students with a general introduction on the principles of palaeontology[7]